Le bon fonctionnement des écosystèmes marins dépend de la qualité du milieu, à la fois de l’eau mais aussi des sédiments. Cette qualité englobe la qualité biologique (nutriments, bactéries, organismes vivants), les caractéristiques physico-chimiques (température, salinité, pH, turbidité, type de sédiment)  et la qualité chimique (quantité et type de micropolluants et de déchets). Connaître et suivre l’évolution de ces éléments dans le Parc est essentiel pour identifier les conséquences d’éventuelles modifications.

Ainsi, en lien avec les 9 autres Parcs naturels marins et les politiques européennes (Directive-cadre Stratégie pour le milieu marin et Directive-cadre sur l’Eau) et nationales, plusieurs indicateurs de la qualité du milieu marin sont en cours de test et seront progressivement mis en place dans le périmètre du Parc. La plupart de ces indicateurs sont basés sur les données des réseaux de suivi de la qualité du milieu déjà existant. Le Parc naturel marin travaille donc avec les acteurs institutionnels du territoire  qui mettent en œuvre ces suivis: IFREMER, Agence de l’Eau Artois-Picardie, Agence Régionale de Santé, CEDRE, Services de l’Etat etc.  L’objectif est à terme de compléter éventuellement ces suivis avec de nouveaux points dans les estuaires ou plus au large.