Le réseau Natura 2000 est constitué d’un ensemble de sites protégés répartis sur le territoire des vingt-sept pays membres de l’Union européenne. Il a pour objectif de contribuer à lutter contre l’érosion de la biodiversité. En effet, de nombreuses menaces pèsent à l’heure actuelle sur les écosystèmes : pressions physiques et pollutions chimiques, fragmentation voire destruction des habitats, changement climatique, surexploitation des ressources naturelles, etc.

• FR 311 0038 ZPS « Estuaire de la Canche » et FR 221 0068 « Estuaires picards : baies de Somme et d’Authie » désignés au titre de la directive européenne « Oiseaux », dont le Parc assure la gestion ;
• FR 310 2005 ZSC « Baie de Canche et couloir des 3 estuaires » et FR 2200346 ZSC « Estuaires et littoral picard : baies de Somme et d’Authie » désignés au titre de la directive européenne « Habitats, Faune et Flore », dont le Parc assure la gestion (ou la co-gestion avec le Syndicat mixte Baie de Somme – Grand Littoral Picard pour le site FR 2200346) ;
• FR 311 0085 ZPS « Cap Gris-Nez » désigné au titre de la directive européenne « Oiseaux », dont la Délégation de façade Manche – Mer du Nord de l’OFB et le CRPMEM Hauts-de-France assurent l’animation du site ;
• FR 310 2003 « Récifs Caps Gris Nez – Blanc Nez » et FR 310 2004 ZSC « Ridens et dunes hydrauliques du détroit du Pas-de-Calais » désignés au titre de la directive européenne « Habitats, Faune et Flore », dont la Délégation de façade Manche – Mer du Nord de l’OFB et le CRPMEM Hauts-de-France assurent l’animation du site.

D’autres sites Natura 2000 majoritairement terrestres ont une partie dans le périmètre du Parc.

Au sein d’un parc naturel marin, une annexe Natura 2000 est ajouté au plan de gestion du parc naturel marin, elle correspond au document d’objectifs de chaque site Natura 2000 majoritairement marin.

Le Parc naturel marin travaille actuellement à la révision de ce document afin de mieux cibler les enjeux et les actions à mettre en œuvre.